马来西亚是一个专利大国，为更好地保护本国的创新成果，马来西亚的专利法已经在1999年进行了大幅度的修改。新专利法对专利申请的受理、审查、授权和保护都有了新的规定。根据马来西亚专利法第38条、39条、40条的规定，发明专利的申请流程如下：
一、 提交专利申请
根据马来西亚专利法的规定，申请人可以自行提交或委托代理机构提交专利申请。申请人可以通过邮寄的方式提交专利申请，也可以通过国际贸易公司或马来西亚公司的秘书代为提交。在采用国际贸易公司或马来西亚公司的秘书代为提交申请时，其提交时间应当以该秘书实际收到申请人的申请文件之日为准。
在发明专利申请中，申请人应将以下文件作为附件一并提交：
a.由申请人签署并加盖公章的发明专利申请书（包括技术内容、权利要求和说明书）；
b.专利申请费；
c.在向马来西亚专利局缴纳申请费之前，申请人必须将上述费用缴清，否则不予受理；
d.经发明专利审查员审查通过，并且授权之后，申请人必须缴纳该授权文本规定的费用。
如果申请人在提出专利申请之前未与马来西亚专利局联系，也未签订有关发明专利的授权协议，那么该申请将不被受理。
二、 形式审查
马来西亚专利法规定，如果申请人没有在申请日起两个月内提交说明书和权利要求书，或者不能证明其发明专利申请符合专利法第38条、39条和40条的规定，马来西亚专利局将不会受理该发明专利的申请。根据马来西亚专利局的规定，形式审查包括两个步骤：
（1）文件准备：申请人需要准备申请文件、说明书、权利要求书、附图和摘要等文件；
（2）文件检查：申请人可以对申请文件进行形式审查，也可以要求马来西亚专利局进行书面形式审查。
三、 初步审查
申请专利的第一步是接受初步审查，申请文件的准备以及是否符合专利法的形式要求将被发送给专利审查员。对于符合形式要求的专利申请，审查员会发出初步审查通知书。
（1）如果发明专利申请在提出初步审查通知书之前已经公开，则申请人将收到一份修改后的申请文件，该文件可在进入初步审查后对其进行修改。修改后的申请文件包括：请求书、说明书摘要、权利要求书、附图及其他需要说明的文件。对于申请人没有公开过的技术方案，审查员会认为其没有公开，从而驳回申请。
（2）如果发明专利申请在提出初步审查通知书之后还没有公布，则该专利申请将进入实质审查程序。如果专利申请的公布文本没有按照要求进行修改，审查员将发出一份补充文件，该补充文件将作为正式的申请文件提供给申请人。如果申请人在规定期限内没有提出修改意见，则该专利申请将被驳回。
四、 实质审查
实质审查的目的在于确认申请是否符合《专利法》《专利法实施细则》和《专利审查指南》等法律法规的规定。申请人可以在递交实质审查请求书的同时，请求进行实质审查。如申请人在递交实质审查请求书之前没有提出过实质审查，则该专利申请不能被受理，而且申请人需要在一年内提出实质审查请求。申请发明专利时，如果专利申请被驳回，申请人可以提出复审请求。根据马来西亚的专利法第34条的规定，申请人在收到驳回决定后可以在6个月内重新递交复审请求。如果没有得到驳回决定的答复，申请人可以再次递交复审请求。如果经过多次申请仍得不到答复，申请人就会被视为撤回申请。
五、 公告和公布
马来西亚专利局将在收到专利申请后的6个月内，将发明专利申请在马来西亚专利局的官方网站上公布。申请人可自申请日起18个月内，向马来西亚专利局提出实质审查请求。
公布：申请人提出实质审查请求后，即意味着该专利申请已经进入了公开程序，马来西亚专利局将会在规定的时间内将该专利申请公布。申请人应在2个月内向马来西亚专利局缴纳公布费用。对于未在规定时间内缴纳公布费用的专利申请，将被视为放弃该专利的申请。
六、 授权和登记
审查后，专利主管部门会将审查结果通知申请人，并向申请人发出授权通知书。申请人可在收到授权通知书后的30天内办理登记手续，在登记前需缴纳登记费及年费。在提交登记申请后，专利主管部门将进行审查，并在审查结束后发出审查意见通知书。如果专利主管部门认为该专利不符合授权要求，则该专利将会被视为无效。在任何情况下，无效程序都必须在申请的15个月内启动。如果专利申请被视为无效，则申请人可以要求恢复权利。
根据马来西亚专利法第40条的规定，如果专利申请被视为无效，则该专利将会被视为不存在并将自动失效。因此，申请人应当在收到专利局的审查结果后的15天内办理登记手续。如果申请人未及时办理登记手续，则该专利权将自动失效。
根据马来西亚专利法第39条的规定，申请人应在收到专利局的通知后2个月内办理登记手续并缴纳登记费及年费。
