境外投资备案的变更申请通常需向原备案或核准的商务部门办理。
以深圳市为例，企业境外投资经备案或核准后，发生变更的，企业应当按照程序向原备案或核准的商务部或省级商务主管部门（深圳市商务局）办理变更手续。省属企业境外投资备案、变更由省商务厅受理。
涉及以下情况的企业则需直接到商务部办理变更：
1. 中央驻深企业：中央企业在地方的下属企业不纳入省级商务主管部门管理，应通过中央企业集团总部向商务部提出申请，办理境外投资备案手续；
2. 在敏感国家或地区进行境外投资：受联合国制裁或未建交国家，具体名单可通过相应网址查询未建交国家（已建交国家名单https://www.fmprc.gov.cn/web/ziliao_674904/2193_674977/；受联合国制裁的国家（https://www.un.org/securitycouncil/zh/sanctions/1518/materials）；
3. 投资项目涉及敏感行业：一是依据《禁止出口限制出口技术管理办法》（商务部令2009年第2号）和《两用物项和技术进出口许可证管理办法》（商务部令2005年第29号）；二是影响一国（地区）以上利益的行业，如在涉及多个国家的河流上修建水电站以及有主权争议的地区。
办理变更时，企业需在“应用系统”提交备案材料pdf格式文件，保证材料如实、完整、符合法定形式。商务部门会核对企业申报材料的真实性和完整性，通过“应用系统”将初步意见及企业申报材料一并转报给上级商务厅。对不符合要求或需要对申请材料说明的，商务部门会通过应用系统通知企业对材料进行调整、补充或完善。
不同地区的具体要求和流程可能会有所差异，建议在办理前详细咨询当地的商务部门，以确保变更申请能够顺利进行。