医疗垃圾中有许多致病微生物，又往往是蚊、蝇、蟑螂和老鼠的繁殖地。这些病菌可以通过在垃圾中生活的生物，转移给人类。医疗垃圾中还可能存在化学污染物及放射性等有害物质，具有极大的危险性。若对直接暴露于医疗垃圾的从业人员的管理与培训不是很严格，可能还会造成更多的危害。
有些人将大量病人使用过的输液器、塑料便盆等卖给塑料加工厂生产生活日用品，并进入超市卖掉。药贩廉价收购百姓手中的过期药品，经过修改批号、重新包装后，再次出手牟利。有人将使用过的一次性医疗器具私下卖给个体商贩，加工包装后卖给一些个体诊所再次使用。
医疗废物的处理技术在我国还处于摸索阶段，优选方法仍不够成熟。相关的处理技术大体分为三类：①高温处理法，如焚烧法、热解法和汽化法；②替代型处理法，如化学消毒法、高温高压蒸汽灭菌法、干法热消毒法、微波处理法和安全填埋法；③创新型技术，如等离子技术、放射技术。 [6] 用于处理医疗垃圾已有多种技术，根据处理原理不同，一般可分为灭菌消毒法、焚烧法、等离子体法、热解法和卫生填埋法等。