灭菌消毒法
灭菌消毒处理方法较多，可采取高温高压蒸汽灭菌法、化学消毒法、微波消毒法等。灭菌消毒法主要是通过高温、高压、化学试剂、一定频率或波长的微波等技术，破坏微生物及病毒的生存环境，降低医疗垃圾对人体健康及环境危害的程度。 
灭菌消毒法需针对不同的医疗垃圾选择不同的灭菌方法，其灭菌效果限制因素较多，由于医疗垃圾的种类繁多且差异性大，因此有可能无法达到佳的灭菌效果。而且垃圾的体积和外观不会发生明显改变，一般条件下可用于焚烧前的预处理，在某些情况下也可以作为终填埋处置前的处理手段。
高温焚烧法 
根据研究，医疗垃圾中占总重量92%的组分为可燃性成分，不可燃成分仅为8%，在一定温度和充足的氧气条件下，可以完全燃烧成灰烬。焚烧处理是一个深度氧化的化学过程，在高温火焰作用下，焚烧设备内的医疗垃圾经过烘干、引燃、焚烧三个阶段将其转化成残渣和气体，病原微生物和有害物质在焚烧过程中也因高温而被有效破坏，还能有效实现减容和减重。焚烧法适用于各种传染性医疗垃圾，是医疗垃圾处理领域的主流技术。