(一)跨境电商企业对海外仓存在盲目选择严格意义上，跨境电商海外仓既是资本密集型产业，也属于技术密集型产业。如果投资方不能持续投入大量的资金和充足的时间对跨境电商海外仓进行升级和完善，那么很容易使得跨境电商海外仓处于停滞状态，使其应有的功能和优势得不到发挥。虽然可以使用跨境电商海外仓来解决传统跨境物流中遇到的问题，但是并不是所有的商品都应该使用跨境电商海外仓，也不是所有的跨境电商商家都适合使用跨境电商海外仓。更适合使用跨境电商海外仓的商品一般体积较大、价格偏高或易碎。对于这一类货物的运输传统物流方式很难满足电商物流的快速性要求。更适合使用跨境电商海外仓的商家则资金实力较强。主要原因在于货物发送到跨境电商海外仓相对容易，但是如果出现海外仓货物需要运回的情况，就会相对比较麻烦。从海外运回货物属于进口范畴，相对于货物本身的价值，往往在这一过程中所需的运费和海关关税造成的额外成本可能更高。更由于跨境电商海外仓的库存预测和控制非常困难，因此即便该目标市场的销量可观，但存储在跨境电商海外仓中的库存也未必一定能全部出售。这样没有出售的货物就转化成了“库损”。这样一来商家如果盲目选择跨境电商海外仓，则会造成成本的增加。
(二)跨境电商海外仓的本土化运作是难点一方面，跨境电商海外仓本土化运作重视程度不够。目前，我国跨境电商由于忽视了本土化的重要性，导致对于海外目标市场的消费者购物习惯不甚了解，无法为海外消费者提供特色化的本土购物体验，极大程度的限制了我国跨境电商业务的发展。对于跨境电商海外仓的建设与成功运营而言，实现海外仓的本土化经营是非常重要的。另一方面，跨境电商海外仓本土化运作难度大。在欧美、日本等国家，一个初级仓储人员的薪资水平大约在每月2000美元～3000美元不等。相对于我国国内的用工制度和薪资体系，跨境电商海外仓本土化运作的直接和大瓶颈就是用工难。其次，国外的劳动法规和生活观念都与我国国内存在较大差异，很多跨境电商海外仓的本土员工没有加班的意识和习惯。因此，跨境电商海外仓企业不得不招聘很大一部分比例的华人或者外劳。因而进一步导致语言和用工文化环境的差异。这就造成，现阶段市面上的跨境电商海外仓中，海外华人自建的占有绝大部分，而这部分人经营跨境电商海外仓的主要原因是出于移民或者拿绿卡的需求而进行的商业投资，自身缺乏从事物流仓储的经验，很难实现跨境电商海外仓的科学经营，并提供标准化服务，更无法在仓储系统软件和仓储自动化方面实现更大的突破，使得跨境电商海外仓沦为了劳动密集型业务，成本高，效率低。
(三)海外仓发展受限于的国情差异由于的信息化发展水平不一，造成各国的互联网发达程度、线上消费的人数等都有所差异。欧美、澳洲等地区得益于发达的互联网技术，基于自身的购买力，形成了较为庞大的在线消费人群，也使得跨境电商企业高度重视这些地区的市场发展。因此跨境电商企业便早早、纷纷在上述地区建立跨境电商海外仓，造成这些地区的跨境电商海外仓市场竞争激烈。现阶段整体来看，无疑这些地区的跨境电商海外仓已经有点过火，跨境电商海外仓的早期投资者则纷纷在进行收缩调整。与此同时，不同地区、不同国家之间在语言、文化、习俗等方面都存在差异，这些差异导致沟通障碍。此外，各国之间信息技术、支付技术和物流技术也参差不齐，限制了跨境电商海外仓之间的协作运行。各国之间的税收政策、贸易壁垒也存在差异。更有甚者，一些国家贸易保护主义盛行，这些都直接增加了跨境电商海外仓的建设成本。
(四)跨境电商与物流的彻底协同无法仅依托海外仓从目前的实际发展来看，跨境电商和跨境物流之间的整体协调性较差。基于互联网，跨境电商与消费者可以轻松地完成沟通、协商、下单、支付等交易的全过程。这一过程完全不受时间和空间限制。而为了真正“fulfill(完成)”这一交易，却需要跨境物流付出巨大的努力，需要协调境内、外物流两个系统，需要协调两国甚至多国海关、检验检疫等部门。比起跨境电商的流程，跨境物流的流程要复杂得多。虽然，跨境电商货物的运送速度慢、退换货麻烦等问题，可以通过使用跨境电商海外仓来解决，但事实上建立跨境电商海外仓并不是件容易的事，其存在选址和建设规模难确定，建设资金投入量大等问题。其中选择和规模问题，则必须依托跨境电商的市场数据进行分析，而现实中往往跨境物流企业又无法获得跨境电商的这部分市场数据。这就造成无法解决仓储的难度，无法保证跨境电商海外仓布局和规模的精度测算。这些都极大地限制了跨境电商海外仓的进一步发展。
(五)跨境电商海外仓建设受资金与技术制约对于跨境电商企业来说，境外与境内仓储系统网络的对接十分重要，一个完备的仓储系统，可以提升跨境电商企业的核心竞争力。但建立一个完备的系统网络是有严格要求的，需要企业对境内外仓储基地有统一化和标准化管理办法。与此同时，要求跨境电商企业在互联网、物联网、智能信息技术以及智能仓储管理系统技术方面有一定的实力。这些实力不只有技术层面，还需拥有强大的资金实力，以这两方面来实现系统的优化与迭代。因此，跨境电商海外仓储基地的建设中，资金和技术投入是建设境外仓储基地的基础。而国内现状是多数跨境电商在海外仓储方面的资金和技术水平都不能满足上述要求，从而影响了跨境电商在境外仓储环节的发展。
