税务总局公告2022年第9号，自2022.5.1起施行新的备案单证制度，如下几个风险要注意：
风险一：
正式申报退税后的15日内做单证备案
不论是原税务总局公告2012年第24号的老备案单证管理规定还是9号的新规定，都要求自正式申报退税后的15日内昨晚备案单证。对于没有按规定做单证备案的，不得享受退税。
风险二：
出口企业承付运费的国内运输费用发票、委托报关的代理报关服务费发票、承付费用的国际货物运输代理费发票税率问题
由于大部分出口企业都是一揽子委托给货代公司来操作出口物流，货代公司会把境内费用、国际运输费用一起开具给出口企业，在开具时会直接以国际运输代理服务费名义开具免税税率的发票。根据增值税的规定，只有国际运输及代理费才享受免税，对于国内段的不享受免税，应按适用税率开具。
在实务中，虽然大部分税务机关遵从业务、遵从市场角度，认可货代公司把国内运输服务等费用开具免税发票为备案单证，但是也有一些税务机关不认可。因此，出口企业一定要结合自己企业各地的税务机关要求，如果明确不允许国内运输服务等代理费开具免税发票的话，那么在跟货代公司订舱前一定要确认好让其开具适用税率的发票
风险三：
委托报关的代理报关服务费开具方问题
税务总局公告2022年第9号新增加了委托报关模式下需要提供委托报关协议、代理报关服务费发票
由于出口企业一般是把整个物流业务一起委托给货代公司，但有的货代公司不具备报关能力，在报关时出口企业还需要再跟操作报关的报关公司签订委托书和报关协议。但开具发票时是有货代公司一起开具，有的税务机关认为9号公告中规定的代理报关服务费发票必须由受托报关的单位开具，如果遇到这样要求的，那么出口企业只能跟货代公司及报关公司协调，把报关费由报关公司单独开具
备案单证中代理报关费发票必须报关公司开才符合规定吗？
风险四：
对于委托报关的，尽量采用无纸化报关。
对于委托报关的，目前有无纸化和有纸化操作，出口企业应尽量采用无纸化委托方式，即通过电子口岸或国际贸易单一窗口签订委托报关协议，这样就可以直接在电子口岸中打印委托报关协议了。
实务中，很多没无纸化报关的，这时候出口企业很难拿到每一票的委托报关协议，而且就算拿到也属于伪造的，那就麻烦了！
风险五：
费用发票的开具时间问题
由于单证备案规定在正式申报退税后15日内做备案，那么作为备案单证的运输发票、报关费发票等应当晚在正式申报后的15日内开具进来才符合规定。对于那些一直是正式申报退税后才开始准备备案单证的出口企业来说要注意，为了风险考虑，应该在正式申报退税前就准备好相关备案单证。
出口退税备案单证的这个风险点要特别注意！
风险六：
切记不要伪造单证
对于一些国际运输是由客户负责的出口业务，如FCA、FOB指定货代等，实务中很多出口企业发现这类业务事后要不到提单或运单，甚至指定货代离岸分单都不给，这就使得一些企业自己PS活着货代直接PS一个假的提单或运单给出口企业使用，这种一旦发现该业务直接按征税处理。如果遇到这类业务时，一定要事先跟客户的指定货代公司沟通好提单事宜。
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