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2018年，我国开始对部分行业试点退还部分增值税留抵退税。自2019年4月1日起，我国开始全面试行增值税留抵退税制度，不再区分行业，只要增值税一般纳税人符合规定的条件，都可以申请退还规定部分的增值税增量留抵税额。
不少企业在去年就申请了次做增量增值税留抵退税，目前正在准备第二次留抵退税中，以下我们就第二次申请退税的三个注意事项给大家展开介绍。
（需要注意的是，先进制造业和疫情防控重点保障物资生产企业增值税留抵退税制度适用《关于支持新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控有关税收政策的公告》（财政部税务总局公告2020年第8号）、《财政部 税务总局关于明确部分先进制造业增值税期末留抵退税政策的公告》（财政部税务总局公告2019年第84号），本文不对这两类特殊行业进行讨论）。
注意事项一：二次申请时计算“增量留抵税额”以2019年3月为基期
很多财务在2019年10月退税后对于第二次退税的计算依据有疑问，主要来源于增量留抵退税额为以下哪种：
1、 与2019年3月底相比新增加的期末留抵税额；
2、 与2019年9月底相比新增加的期末留抵税额；
在这里笔者给大家明确，不管是第几次申请都应该是与2019年3月底相比新增加的期末留抵税额， 根据《财政部 税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局海关总署公告2019年第39号）（以下简称2019年第39号文）的第八点第二条规定，增量留抵税额是指与2019年3月底相比新增加的期末留抵税额。
注意事项二：与申请要间隔少半年，且满足5个必要条件
符合以下条件的纳税人，可以向主管税务机关申请退还增量留抵税额：
1.自2019年4月税款所属期起，连续六个月（按季纳税的，连续两个季度）增量留抵税额均大于零，且第六个月增量留抵税额不低于50万元；
2.纳税信用等级为A级或者B级；
3.申请退税前36个月未发生骗取留抵退税、出口退税或虚开增值税专用发票情形的；
4.申请退税前36个月未因偷税被税务机关处罚两次及以上的；
5.自2019年4月1日起未享受即征即退、先征后返（退）政策的。
需要注意的是，连续期间是不可以重复计算，意思就是如果2019年10月份申请增值税期末留抵税额退税的，下一次申请起码要在2020年4月份及以后，往后的申请以此类推。
注意事项三：进项构成比例的计算要准确
在计算当期允许退还的增量留抵税额时，步首先是计算进项构成比例；
次申请时基本上大家都不会有什么疑问，但是到了第二次申请，很多企业就犯了错误，错误在什么地方呢？
我们来看进项构成比例的计算公式：
已抵扣的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额/全部已抵扣进项税额
各项税额确认不难，计算也很简单，错误来源于很多企业会在2019年10月至2020年3月抓取以上进项税额的数据，但正确的取数期间应该是2019年4月至申请退税前一个月税款所属期。就是说，如果2020年7月申请，那么上述公式的进项税额期间应2019年4月-2020年6月（所属期）。
2019年第39号文第八点第三条规定，进项构成比例为2019年4月至申请退税前一税款所属期内已抵扣的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额占同期全部已抵扣进项税额的比重。
简单案例介绍：
接下来我们通过实际案例让大家理解的更加清晰。
甲企业（非疫情防控重点保障物资生产企业、非先进制造业），2015年成立，同年被认定为增值税一般纳税人。增值税按月申报，纳税信用等级为A级，无出口业务，符合增值税期末留抵税额退税规定，其2019年3月期末留抵为10万元，2019年4月-2020年6月增值税申报情况如下：
2019年10月份次申请留抵退税：
假设：2019年4月至2019年9月所属期内全部已抵扣的进项税额为600万元，其中：同期已抵扣的增值税专用发票涉及的进项税额314万元、税控机动车销售统一发票涉及的进项税额26万元、解缴税款完税凭证注明的增值税额为20万元。则允许退还的增量留抵税额计算如下:
1.进项构成比例=（314+26+20）/600=60%
2.计算增量留抵税额=9月期末留抵税额130万元-3月期末留抵税额10万元=120万元
