一、策划过程
策划过程可分成若干个子过程，这些子过程是建立食品安全管理体系必须要加以识别和管理的，可分为以下七点。
一是，组织环境的识别和评审过程，其包括组织内外部环境和相关方需求识别与评审过程，食品安全管理体系范围的确定过程。
二是，管理体系策划过程，包括方针、目标、组织框架及职责权限、应对风险的措施等。
三是，人力资源管理过程。食品行业的人力资源管理有别于其他行业，注重员工健康管理，食品安全意识及食品安全小组的能力要求。
四是，基础设施和工作环境管理过程。根据食品行业类别，按不同的食品法规要求，对基础设施和工作环境加以管理。
五是，外部提供的过程、产品和服务控制过程。供方的考核评价及原辅料进厂验收要求，包括对外部供方许可资质管理等内容。
六是，内外部信息沟通过程。着重食品链上下游组织在食品安全方面的信息沟通，包括与监管部门、供方、顾客等相关组织的信息沟通。
七是，成文信息控制过程。关注记录保存期限与法律法规要求的符合性。
二、运行过程
运行过程该本标准的核心过程，存在另一个PDCA循环，包含了标准第8章所述的FSMS内的各种运行过程，可分为以下若干个子过程。
前提方案建立实施过程，依据组织所处的食品链的位置，确定相应的前提方案，如良好操作规范、良好兽医规范、良好分销规范可追溯性过程。根据标准要求，追溯系统应能够唯一地识别供应商来料和终产品的初始分配路线应急准备与响应过程，组织首先应识别出那些与食品安全相关的潜在的紧急情况，并制订出相应的应急方案，并要求对方案进行测试危害分析与评价及控制计划的建立过程，根据HACCP七个基本原理的要求建立实施该过程。值得特别关注的是，新标准要求关键限值应可测量，操作性前提方案（OPRP）的行动标准可测量或可观察。另外还包括控制措施确认过程、危害控制计划的实施与监视过程、验证过程、不合格产品控制过程（包括产品撤回），这些过程与旧标准要求无太多变化。
三、食品安全管理体系的绩效评价过程
食品安全管理体系的绩效评价过程包括对监视和测量、验证活动结果所获取的数据和信息，以及对前提方案和危害控制计划实施情况的监测结果的分析与评价，同时包括内部审核和管理评审活动，以确定FSMS的绩效情况。该过程可分为：分析与评价过程、内部审核过程、管理评审过程。
四、改进过程
组织应持续改进食品安全管理体系的适宜性、充分性和有效性，并根据与相关方沟通的结果、验证活动结果分析的输出以及管理评审的输出更新FSMS，该过程可分为持续改进过程、食品安全管理体系更新过程。综合上述分析，基本已识别食品安全管理体系的主要过程，组织可以按过程方法的要求，形成过程清单，如附表所示，以便管理食品安全管理体系。
除上述过程外，组织还应考虑基于风险的思维，识别食品安全管理体系其他过程。基于风险的思维也分为两个层次，组织层面的和运行层面的。运行层面的过程识别已包含上述第二大过程（运行过程）中。组织层面的过程识别，可参照标准6.1.1条款之规定：“策划食品安全管理体系时，组织应考虑到4.1中涉及的事项”。同时，标准4.1指出：“考虑各种内外部因素，包括但不限于国际、国内、地区和当地的各种法律法规、技术、竞争、市场、文化、社会、经济因素、网络安全和食品掺假、食品防护和故意污染”。因此，还需识别非传统食品安全危害控制过程：食品防欺诈过程、预防人为破坏和蓄意污染过程。
