认证机构对申请企业提交的申请材料进行审查，决定是否受理申请。如果决定受理申请，则双方签定合同；如果不受理，认证机构以书面形式通知申请者并说明理由。文件审查主要看企业编写的体系文件能否满足相关认证标准的要求，卫生标准控制程序（SSOP）能否满足GMP的要求，ISO22000计划书制定的是否合理，危害分析是否充分等。
当签定了认证合同后，认证机构一般按如下程序进行审核：组成审核组、文件审核、初访或预审核、现场审核前的准备、现场审核并提交报告。对于申请产品ISO22000认证的企业，还要进行产品型式检验，认证机构根据规定要求审查提交的质量体系审核报告和产品形式检验报告后，编写产品质量认证综合报告，提交认证机构的技术管理委员会审批，据此作出是否批准认证的决定。对批准通过认证的企业颁发认证证书并进行注册管理。对不批准认证的企业书面通知，说明原因。
认证证书上注明了获证企业的名称、生产现场地址（如为多现场应注明每一现场的地址）、体系覆盖产品、审核依据的标准及发证日期等。获得认证证书的企业，应按认证证书及标志管理程序的有关规定使用证书，并接受认证机构的监督与管理，认证机构将依据规定的要求作出维持、暂停或撤销的决定。
食品企业通过认证后还应接受认证机构的证后监督和复评。根据"以ISO22000为基础的食品安全体系认证机构认可实施指南"的有关规定，认证机构可确定对获证企业的以ISO22000为基础的食品安全体系进行监督审核，通常为半年一次（季节性生产在生产季节至少每季度一次），如果获证企业对其ISO22000为基础的食品安全体系进行了重大的更改，或者发生了影响到其认证基础的更改，还需增加监督审核频次。复评是又一次完整的审核，对ISO22000为基础的食品安全体系在过去的认证有效期内的运行进行评审。认证机构每年对供方全部质量体系进行一次复评。
许多企业在建立体系之初，总希望获证越快越好，但随着工作的深入，企业就会认识到，建立和实施ISO22000体系实际上是一个学习和实践的过程，必须要经过一定的时间才能完成。要想顺利通过ISO22000认证并取得效果，学好标准是前提，编好文件是基础，有效运行是保证，而每一个环节都需要时间作为基本保证条件。
