进出口货物的保税仓储，就是暂缓缴纳各种进口税费，是综合保税区基本和核心的税收政策。
适用范围如下：
1.进入综保区的境外货物；
2.出口报关入区取得退税的国内货物；
3.综保区与其他综保区等特殊区域、保税场所之间往来的货物。
区内仓储货物不设存储期限，可能长期保税存储，能够更大程度提高区内企业经营便利性。
二、免税
免税，也是综合保税区的如何做到
1.进口的主要包括：
进境的机器设备、模具及零配件；
区内基建项目或建设厂房仓库所需要的机器设备、基建物资；
区内行政管理机构、企业自用合理数量的办公用品；
这些都是免征进口关税和进口环节税。
2.出口，从综保区内运往境外的货物免征出口关税。
三、退税
综合保税区被视为“境内关外”，从境内区外进入综合保税区的货物，视同出口，可以享受出口退税。
哪些情况可以享受退税呢？
1.国内的货物、机器设备以出口报关方式入区的；
2.区内企业（增值税一般纳税人资格试点企业除外）生产出口货物耗用的水电气，视同出口货物实行退税；
3.区内企业将自用机器设备、模具等运往区外检测、维修时，在区外更换的国产零配件可以退税。
四、征税
征税范围包括：
1.出区内销的货物，因使用保税料件产生的边角料、残次品、副产品，加工生产、储存运输中产生的包装物料，以及外发加工至区外产生的边角料、残次品、副产品不运回综合保税区的，按照货物实际状态缴纳进口关税和进口环节税；
2.入区的出口货物属于应征出口关税的，应缴纳出口关税；
3.享受免税的进口机器设备等，或者国内出口报关的区内机器设备等出区时，若监管年限未满，参照减免税货物补缴税款；
4.将区内自用机器设备等运往区外检测维修时更换国产零配件的，海关按照原零配件的实际状态征税；
5.供区内企业、行政机构等自境外入区的自用交通运输工具、生活消费用品应纳税。
除此之外，综合保税区内企业经批准或授权还可以享受一些税收优惠政策：
（1）选择性征收关税政策。区内企业生产、加工并销往区外的保税货物，企业可以选择按其对应进口料件或者按实际报验状态缴纳进口关税；
（2）跨境电子商务零售进口税收政策。区内企业开展跨境电子商务网购保税进口业务可以享受跨境电子商务零售进口税收政策；
（3）赋予区内企业增值税一般纳税人资格政策。经批准试点的综合保税区内企业可自愿申请成为试点企业，按规定办理增值税一般纳税人资格登记，自增值税一般纳税人资格生效之日起，可享受进口自用设备暂免进口税收后按内外销比例年度补缴税款、内销货物向税务机关申报缴纳增值税和消费税并按规定向海关缴纳进口税收以及缓税利息、外销货物适用出口退（免）税政策、增值税可按规定抵扣等具体政策；
（4）经批准或授权的其他税收政策。
优惠税率。出区内销的优惠贸易协定项下货物，适用协定税率或者特惠税率；但货物实际报验状态与其从境外入区时状态相比，超出相关优惠贸易协定所规定的微小加工或处理范围的，不得享受优惠税率。
