要办理全自动荧光PCR分析仪在欧洲的MDR CE认证，您可以按照以下步骤进行：
确定产品的分类：首先，确定全自动荧光PCR分析仪在欧洲的医疗器械分类。这将决定您需要遵守的欧洲医疗器械法规和要求。
核心技术文件（TechnicalDocumentation）：准备核心技术文件，包括设备的技术规格、设计和制造过程、性能评估报告、风险分析和风险管理文件等。核心技术文件是CE认证的关键文件，需要详细描述产品的设计、制造和性能特征。
符合性评估程序：根据产品的分类，选择适当的符合性评估程序。常见的程序是通过制造商自我声明符合性的CE标志，但也可能需要第三方评估机构的介入，例如欧洲授权的认证机构（NotifiedBody）进行评估和审核。
进行性能评估：根据适用的欧洲技术标准，对全自动荧光PCR分析仪的性能进行评估。这包括验证产品的技术特性、功能和性能，确保其符合相关标准的要求。
编制技术文件和申请：根据所选的符合性评估程序要求，编制和提交符合性评估文件和申请。这可能包括技术文件、申请表格、性能评估报告和其他相关文件。
进行评估和审核：符合性评估程序的评估机构将对您提交的文件进行评估和审核。他们将验证您的产品是否符合欧洲医疗器械法规的要求。
颁发CE证书：如果您的全自动荧光PCR分析仪通过了评估和审核，符合性评估机构将颁发CE证书。CE证书证明您的产品符合欧洲医疗器械法规的要求，并允许您在欧洲市场上销售和推广。
