问：我公司委托代理进口公司进口一批货物，海关开具的增值税专用缴款书标注的纳税人为我公司和代理公司两个单位，实际税款是由我公司承担，但增值税专用缴款书原件在代理公司。请问，我公司如何抵扣增值税？
答：根据增值税法的规定，进口货物应当在进口环节缴纳增值税。
一般来说，增值税应当由税务机关负责征收,但对境外进口货物的,应当由海关代征增值税。代理进口货物属于代购货物行为，根据《财政部、国家税务总局关于增值税、营业税若干政策规定的通知》（财税字〔1994〕26号）第五条规定，代购货物行为，凡同时具备以下条件的，不征收增值税；
不同时具备以下条件的，无论会计制度规定如何核算，均征收增值税。
（1)受托方不垫付资金；
（2)销货方将发票开具给委托方，并由受托方将该项发票转交给委托方；
（3)受托方按销售方实际收取的销售额和增值税额（如系代理进口货物则为海关代征的增值税额）与委托方结算货款，并另外收取手续费。
也就是说，符合代购货物条件的，代购行为仅就收取的手续费收入缴纳增值税，不符合代购货物条件的，则应当按照收取的全部价款和价外费用按照销售货物缴纳增值税。
但鉴于代理进口货物的海关完税凭证有的开具给委托方，有的开具给受托方的特殊性，对代理进口货物，以海关开具的完税凭证上的纳税人为增值税纳税人。即对报关进口货物，凡是海关的完税凭证开具给委托方的，对代理方不征增值税；凡是海关的完税凭证开具给代理方的，对代理方应按规定征收增值税。
代理公司是以代理进口的形式报关，并提交的是代理进口合同，是可以要求海关开具“双抬头”(代理公司和委托方名称)的海关增值税专用缴款书(即增值税发票)。
根据《国家税务总局关于加强进口环节增值税专用缴款书抵扣税款管理的通知》（国税发〔1996〕32号）的规定，对海关代征进口环节增值税开据的增值税专用缴款书上标明有两个单位名称，即既有代理进口单位名称，又有委托进口单位名称的，只准予其中取得专用缴款书原件的一个单位抵扣税款。
申报抵扣税款的委托进口单位，必须提供相应的海关代征增值税专用缴款书原件、委托代理合同及付款凭证，否则，不予抵扣进项税款。因此，进口完税凭证上标明有两个单位名称的，谁持有增值税专用缴款书原件谁抵扣，因为专用缴款书原件为代理公司持有，因此，你公司无权抵扣进项税款。
但代理公司将货物移送给你公司时应视同销售，应当向你公司开具增值税专用发票。当然，如果代理公司将缴款书原件交由委托方拿去直接抵扣的，代理公司无需自己给委托方开具增值税发票。代理公司代理报关服务按照“商务辅助服务”税目缴纳增值税，仅就代理报关服务费开具增值税专用发票。
增值税计税依据为取得服务费收入扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费后的余额为计税依据。但对政府性基金或者行政事业性收费不得开具增值税专用发票。
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