GMP厂房的建筑平面和空间布局应具有适当的灵活性。主体结构宜采用大空间及大跨度柱网，不宜采用内墙承重体系。GMP厂房围护结构的材料选型应符合保温、隔热、防火、防潮、少产尘等要求。GMP厂房主体结构的耐久性应与室内装备和装修水平相协调，并应具有防火、控制温度变形和不均匀沉陷性能。厂房变形缝不宜穿越洁净区。送、回风管和其他管线暗敷时，应设置技术夹层、技术夹道或地沟等。穿越楼层的竖向管线需暗敷时，宜设置技术竖井，其形式、尺寸和构造应符合风道、管线的安装、检修和防火要求。对兼有一般生产和洁净生产的综合性厂房的平面布局和构造处理，应避免人流、物流运输及防火方面对洁净生产带来不利的影响。GMP厂房的建筑平面和空间布局应具有适当的灵活性，为生产工艺的调整创造条件。
指在不增加面积、高度的情况下，进行局部的工艺和生产设备调整，在这种情况下，厂房内墙的可变性就是一个重要的措施，不宜采用内墙承重体系。主体结构要具备同建筑处理及其室内装备和装修水平相适应的等级水平。若室内装备与装修水平高，而主体结构为临时的，就会形成严重的浪费。着重于使GMP厂房在耐久性、装修与装备水平、耐火能力等几个方面相互协调，使投资长期发挥作用。温度或沉陷不但可能影响安全，还会破坏建筑装修的完整性及围护结构的气密性，故须对主体结构采取相应措施。对兼有一般生产和洁净生产的综合性厂房，在考虑其平面布局和构造处理时，应合理组织人流、物流运输及消防疏散线路，避免一般生产对洁净生产带来不利的影响。当防火方面与洁净生产要求有冲突时，应采取措施，在确保消防疏散的前提下，减少对洁净生产的不利影响。