净化车间厂房设计首先要了解所设计的净化车间的用途、使用情况、生产工艺特点等，比如设计的是集成电路生产用净化车间，首先要弄清楚产品的特性—集成性、特形尺寸和生产工艺特点；对净化车间的要求—空气洁净度等级、温湿度及其控制范围、防微振、防静电和高纯物质的供应要求等；其次要充分了解业主拟采用的生产工艺、工艺设备情况和工艺布局的设想。
为确保净化车间厂房室内所必须的空气洁净度，净化车间设计中涉及到的各个设计均应采取妥善的、可靠的技术措施，以减少或防止室内产生、滋生微生物，减少或阻止将微粒/微生物或可能会造成交叉污染的物料带入室内，有效地将室内的微粒/微生物排出，以减少或防止它们滞留净化车间内。净化车间厂房的布置和各项设施的设计均须符合消防、防火的要求，应按国家的有关标准、规范进行设计，由于室内的平面和空间布置特殊、走道曲折等特点，在进行各项技术设施的系统设计、设置配备和材质选择时，应特别注意按规定选用符合要求的系统、设备和材质。中净环球净化可提供净化车间厂房、GMP车间、洁净车间厂房的咨询、规划、设计、施工、安装等配套服务，众多案例。
为了保护人员净化用室的清洁，彻底的办法是在更衣前将外用鞋脱去，换上清洁鞋或鞋套。现有净化车间厂房工作人员都执行更衣前换鞋的制度，其中不少净化车间厂房对换鞋方式作了周密考虑，换鞋设施的布置考虑了外用鞋与清洁鞋接触的地面要有明确的区分，避免了清洁鞋被外用鞋污染，例如跨越鞋柜式换鞋，清洁平台上换鞋等都有很好的效果。