为了避免投资者仅仅为了享受海南自贸港低税率优惠政策，在海南注册“空壳公司”，吸取之前的“洼地”政策教训，海南自贸港有关税收优惠政策中特意强调了“实质性运营”概念，逐步强化对“实质性运营”的监管。
除海南自贸港外，上海自贸区临港片区、横琴粤澳深度合作区有关的企业所得税优惠政策，也都有关于实质性运营或类似的规定。目前海南自贸港有关“实质性运营”的概念较为全面，要求逐步细化，值得借鉴。
在海南自贸港“实质性运营”的概念，Zui早出现在财政部 税务总局《关于海南自由贸易港企业所得税优惠政策的通知》（财税〔2020〕31号），该文于于2020年6月23日发布，明确规定：“对注册在海南自由贸易港并实质性运营的鼓励类产业企业，减按15%的税率征收企业所得税”。
为促进海南自贸港企业所得税优惠政策落地，2021年3月，国家税务总局海南省税务局、海南省财政厅、海南省市场监督管理局联合发布了《关于海南自由贸易港鼓励类产业企业实质性运营有关问题的公告》（2021年第1号）（以下简称《公告》），首次明确了实质性运营所需具备的要素；提出了实质性运营的原则性判定标准，区分4种情形分别对于其实质性运营所需条件进行规定。
2022年9月，国家税务总局海南省税务局、海南省财政厅、海南省市场监督管理局联合发布了《关于海南自由贸易港鼓励类产业企业实质性运营有关问题的补充公告》（2022年第5号）（以下简称《补充公告》），对鼓励类产业企业实质性运营有关问题进行了具体阐释和补充解读。《补充公告》主要从完善具体判定标准、增加负面规定、扩大制度适用对象范围、明确后续监管要求四大方面进行了规定。
