“实质性运营”条件，Zui典型的是针对注册在自贸港的居民企业，在自贸港之外未设立分支机构的情况，要求其生产经营、人员、账务、资产等均在自贸港，才属于在自贸港实质性运营。而仅在自贸港注册登记，其生产经营、人员、账务、资产等任一项不在自贸港的居民企业，不属于在自贸港实质性运营，不得享受自贸港企业所得税优惠政策。
《公告》对于实质性运营所需条件进行了较为原则性的规定，在实际执行过程中，存在着众多不确定性。很多条件的实现，都可以委托海南当地的代理机构代为办理，或者只雇佣很少的人在当地办理，而实际运营主体仍在自贸港外。
为防止“实质性运营”条件被虚化，《补充公告》对“生产经营、人员、账务、资产”在自贸港，又进行了进一步的细化，使之更具有操作性：
1. 生产经营在自贸港。
《公告》指出，“生产经营在自贸港”指居民企业在自贸港有固定生产经营场所，且主要生产经营地点在自贸港或者对生产经营实施实质性全面管理和控制的机构在自贸港。
《补充公告》从业务、管控两个层面进行标准细化，两个标准满足其中一项，即符合生产经营在自贸港。一是业务层面标准，要求主要生产经营地点在自贸港；二是管控层面标准，对生产经营实施实质性全面管理和控制的机构在自贸港，并从生产经营决策、财务决策、人事决策等方面提出更具体的判断标准。
2. 人员在自贸港。
与之前的政策相比，《补充公告》针对人员设定Zui低的常住从业人员比例和居住天数标准，新增了企业一个纳税年度内至少需有3名（含）至30名（含）从业人员在自贸港均居住累计满183天的规定，取代《公告》中“居民企业有满足生产经营需要的从业人员在自贸港工作，且与居民企业签订1年以上劳动合同或聘用协议”的规定。有关“Zui低从业人员数量/比例和居住天数”的条件是《补充公告》规定中引发普遍关注的条款，这一条件将有效遏制在海南自贸港设立“空壳企业”以滥用税收优惠的行为。
