此项强调的是企业为开展生产经营活动而持有的必要资产在自贸港。对此，《公告》指出，需企业拥有资产所有权或使用权并实际使用的资产在自贸港，且与企业的生产经营相匹配。
但考虑到实际执行中的一些特殊情况，《补充公告》对此进行进一步完善，针对专利等无形资产，由于不具有实物形态，只强调登记在自贸港企业名下即可；对某些企业的资产已登记在其名下但不在自贸港，如果符合行业生产经营活动常规或者符合相关资产特征，对该部分资产是否在自贸港不做硬性要求。
另外，《补充公告》增加了负面规定条款，对不符合实质性运营的情形进行了具体化描述：明确不具有生产经营职能，仅承担对内地业务的财务结算、申报纳税、开具发票等功能，或者注册地址与实际经营地址不一致，且无法联系或者联系后无法提供实际经营地址等情形，亦不属于实质性运营。
实际业务不在海南运营，只是为了享受海南自贸港优惠政策而在海南注册公司，很难把握满足“实质性运营”条件与“不增加企业运营负担”之间的平衡点。注册的公司要想在海南满足实质性运营的条件，成本是非常高的，那就跟在海南实际开展业务是一样的了。
