IATF16949认证的审核流程主要分为以下几个阶段：
A.申请与受理
1.企业将填写好的《IATF16949认证申请表》连同认证要求中的相关材料提交给认证中心。
2.认证中心对提交的文件进行初审，符合要求后发放《受理通知书》。
3.申请认证的企业根据《受理通知书》与认证中心签订合同。
B.现场检查准备
1.认证中心收到企业的全额认证费后，通知企业成立现场检查组。
2.在现场检查前一周，认证中心将检查组的组成和检查计划正式报企业确认。
C.现场检查
1.现场检查按照IATF16949的要求进行，包括对企业的质量管理体系、生产过程、产品检验等方面进行全面审核。
2.对于需要检验的产品，检查组负责抽样并封样，送指定的检验机构进行检验。
D.综合评价与审批
1.检查组根据企业申请材料、现场检查情况、产品检验报告等撰写综合评价报告，并提交技术委员会审查。
2.认证中心收到技术委员会的审查意见后，汇总并报认证中心总经理批准。
E.颁证与公告
1.认证中心向认证合格的企业颁发IATF16949认证证书，并组织公告和宣传。
2.被认证企业如需标识，可向认证中心订购；如有特殊印制要求，应向认证中心提出申请并备案。
F.年度监督审核
1.年度监督审核每年进行一次，认证中心根据企业认证证书的发放时间制定年检计划，并提前通知企业。
2.企业按照合同要求缴纳年度监督管理费，认证中心组成检查组到企业进行现场检查。
3.检查组根据企业材料、检查报告、产品检验报告等撰写综合评价报告，报认证中心总经理批准。
G.复评认证
1.3年到期的企业，应重新填写《IATF16949认证申请表》，连同相关材料提交认证中心。
2.其余认证程序与初次认证相同。
IATF16949认证常见问题
1.哪些组织可以申请IATF16949认证？
轿车、载货汽车、客车、摩托车及部件、配件的生产厂家可以申请。不包括工业（叉车）、农业（小货车）、建筑业（工程车）、矿业、林业等用车生产厂家。
2.混合性生产的企业能否申请IATF16949认证？
可以。如果企业只有少部分产品是提供给汽车制造厂的，公司的所有管理都应按IATF16949执行，包括汽车产品技术方面。如果生产现场可区分开来，可只对汽车产品制造现场按IATF16949管理，否则整个工厂必须按IATF16949执行。
3.生产模具、夹具、工装之类的企业能否申请IATF16949认证？
不能。模具产品生产厂是汽车供应链厂家的供方，但所供产品不是用于汽车上的，不能申请IATF16949认证。
4.生产汽车零件但主要供应维修市场的企业能否申请IATF16949认证？
不能。汽车供应链是指所供产品必须装在整车厂出厂新车上的产品零部件，不包括维修市场产品。但如果是整车厂指定销售点并按整车厂的计划配送，还是可以申请认证的。
5.产品设计责任归属问题
如果产品设计是外包给汽车设计院设计出来的，那么企业有产品设计责任。产品设计责任，如果不是顾客，就是组织自己，二者必居其一。
6.如何进行现场审核？
现场审核分为两个阶段，第一阶段为文件审核，第二阶段为正式审核。审核通过后的3个月内，组织需要对不符合项进行整改关闭，认证中心对整改完成情况进行验证。验证完成后如果符合要求，则表示组织通过了IATF16949认证。