三级处理多采用物理法或化学法，对其进行深度处理，达标排放或回用。
池塘水的净化处理
我们知道水的酸碱度、浊度…等，这些因素直接影响着水质的高低。我们常见的滤料有火山沸石，椰壳活性炭，交换软树脂和麦饭石…等等。滤材种类不同，其功能亦不同，但其主要的目的皆为净化水质，让水质可以调整至适合鱼儿生存的环境。经由过滤后，所有的水样之浊度皆下降，代表滤材可以有效过滤水中之悬浮粒子。
由于椰壳活性炭、吸氨沸石、日本火山沸石皆具有孔隙、大的比表面积，可以有效吸附水中杂质，降低水中浊度。海沙由于其颗粒细小，可以有效滤除杂质，但其对于pH值的改善不如椰壳活性炭好。加入明矾可以提升过滤的效果，但水样之pH值却而由中性变为酸性。使用椰壳活性炭可将浊度值降至低，且其颜色之改变是由肉眼就可明显发现。滤材高度越高，浊度值越低，这是因为水样通过滤材的长度越长，被滤材过滤或吸附的杂质越多，也其浊度值会越低。不同的过滤速度，对于浊度和pH值并未有太大的改变，可能是因为我们的过滤速度差异不大所致。过滤温度对于浊度值的影响不大，可能是因为我们的加热温度只到60℃并非很高，或是水中并未含有一些聚合粒子，温度提高并未对其产生影响。
海沙的过滤效果和经济效益佳，因其不需要成本;但椰壳活性炭对于脱色、除臭的效果佳，若要净化家中的饮用水，建议採用椰壳活性炭当作滤材，因其可以去除自来水中的余氯，且亦能降低水中硬度，使水的口感更佳。过实验可知，若要改善水质，可以经由马达抽取池塘水，利用海沙或是活性炭作为滤材进行过滤，可以使池塘的水变得澄清与适合鱼儿生存。