一、区别：
1.代理出口是“自营出口”的对称，代理出口必须事先签订代理出口协议。
2. 自营进出口权：指国家相关部委授予生产性企业经营本企业自产产品的出口业务和本企业所需的机械设备、零配件、原辅材料的进口业务，但国家限定公司经营或禁止进出口的商品及技术除外。
二、退税
1、是否需要退税要看公司是否有实体或者说是否是接实单在做;
2、自营的只需抵税，而代理要帮助退税。自营的能省点事，代理的就稍微麻烦些，还的开发票退税什么的。
3、自营出口是区别于委托出口的，顾名思义，就是自己经营出口事项之义，即非委托他人进行的出口业务。委托出口是站在委托方的角度而言，代理出口是站在被委托方的角度而言的。 委托出口需要签订《代理协议》的，是代理商为委托单位进行的出口业务，商品由委托方提供，出口报关单上是委托方和代理方都列示的，客户可以是委托方提供的，也可以代理方找到的买家。委托方需要将增值税专用发票开予代理方，即委托方需要先支付增值税。一般代理方不垫支款项，当卖家将款项汇入，卖家将属于买家的款项再转付委托方。代理方只需要对收取的代理费缴纳营业税，当然需要向委托方开具佣金的发票。至于出口退税，是在收到退税款项后由代理方退还给委托方的，在申请退税的过程中的单据准备是由代理商负责，由委托方配合的。自营出口的不同是出口事项有生产企业自己承担，自然不存在先承担部分增值税的问题，也就无需为增值税未退的款项代垫资金。但所有报关手续，客户的资信调查和寻找客源等工作也都需要生产厂家自己进行，因为毕竟是专业性比较强的业务，故在成熟度尚未达到之时，一般企业会选择代理商代为操作，利润空间小了，但风险也随之降低。
外贸企业出口和工厂自营出口退税各如何计算?
外贸企业出口：按单票对应法，即报关单和增值税专用发票相对应，按增值税专用发票上的金额乘以退税率计算出口退税额。
工厂自营出口：按免抵退税计算。把报关出口的FOB价乘以汇率再乘以退税率为免抵退税额，免抵退税额与当月留抵税额比较，小的为退税额，免抵退税额-退税额=免抵额。