二阶段申报是对运输工具实际所载货物的详细申报，即通常所说的“进口报关单”申报。货物抵达后，进口商或经授权的报关代理使用“完整进口报关单”（FullImport Declaration，简称FID）报关、清关。完税价格超过起征点（详见《1901澳大利亚海关法》第68条）的进口货物均须使用“完整进口报关单”报关。目前起征点为A$1000澳元。
1、申报方式
二阶段申报有3种申报方式：
1.填制进口报关单（海关B650表格），现场递交海关；
2.购买电子证书，通过海关互动网站与海关在线交流、申报信息；
3.基于您提供的信息，由报关代理为您办理海关手续。
海关B650表格可从海关现场服务窗口获得或从海关网站（www.customs.gov.au）下载。
2、申报人身份证明
受理申报时，海关将审核申报人身份。
•申请数字证书时需要提供申报人身份证明。
•纸质报关申报人每次向海关递交纸质进口报关单证时均应交验申报人身份证明。
通过报关代理进行申报时，您无需提供申报人身份证明，但我们将审核您委托的报关代理人的身份证明。
3、报关登记
如果想通过ICS系统报关，您须先在海关登记注册。您可以通过与海关在线交流进行电子注册，或填制登记表格（海关B319表格），现场递交海关。
如您拥有ABN或ABN/CAC号码，您的信息录入ICS系统后，该号码将成为您的身份识别号码。如您没有ABN和ABN/CAC号码，海关将向您发放一个身份识别号码，即通常所说的海关客户身份识别号码（CCID）。当与海关进行信息沟通时，您需使用已注册的ABN、ABN/CAC或CCID号码。
如您的供货商未在澳大利亚海关注册，您需为其注册登记。海关可能要求您核实已提交的信息，您应根据海关要求交验您填制报关单时依据的商业单证（海运提单、空运单、装箱清单等）。根据《澳大利亚1901海关法》第240条的规定，您应当保留与进口报关相关的所有单证，至少保留5年。
4、报关单填制
请您务必如实、正确申报。申报不实、伪瞒报，很有可能面临处罚。
5、服务标准
与纸质报关单相比，海关更优先处理电子申报的进口报关单。
如您以纸质报关单申报，海关将代您把申报信息录入海关电子系统。
在收到您提交的全面、准确的进口报关单后，我们将争取在下一个工作日下班前告知您货物是否可以放行，是否需要提供进一步信息，是否需要查验等。
如您的货物和申报满足海关和检验检疫机构的所有相关监管规定，海关将尽量在收到您缴纳的税费后30分钟内通知货主提货。