在每年的公历年度内，中国根据加入世界贸易组织时的货物贸易减让表承诺的配额量，设定了进口关税配额农产品的年度市场准入量。关税配额内的进口货物按配额内税率缴税，而配额外的进口则按配额外税率缴税。
一、关税配额管理的农产品品种
加工贸易项下实施关税配额管理的农产品主要包括：小麦及其制品、玉米及其制品、大米及其制品、食糖、棉花、羊毛及毛条。
二、关税配额农产品的加工贸易进口
企业开展关税配额农产品的加工贸易进口业务时，必须持有注明适用于加工贸易方式进口的关税配额证。涉及配额外税率对应商品编号的，不得开展加工贸易进口。对于棉花加工贸易，还需持有特定编号的进口关税配额证和配额外优惠税率配额证。
三、加工贸易项下关税配额农产品的内销
加工贸易进口的农产品及加工成品如需内销，企业可提交一般贸易关税配额证或配额外优惠关税税率配额证，海关将按相应税率计征税款。若无一般贸易配额证，则按配额外税率计征。
四、加工贸易项下关税配额农产品的受灾处理
非不可抗力造成的保税货物受灾，如无法提交一般贸易配额证，将按配额外税率计征。因不可抗力造成的受灾货物，经海关核实后，根据货物受损情况免税核销或按配额税率计征。
五、加工贸易项下关税配额农产品的违规处理
加工贸易企业未经许可擅自将关税配额农产品保税进口料件或其制成品在国内销售的，将按照《中华人民共和国海关法》及相关条例进行处理。
