为防止污染，对进入洁净室的人和物必须进行净化处理；为防止生产原料的污染，各种物料必须分类、分区放置，同时应有防止取样时污染的设施和措施；建筑物要求密闭，不使外界未经净化的空气进入洁净厂房，并且要设有“三废”处理设施和防止昆虫、动物进入的措施；洁净厂房操作室内的地面、墙壁和顶棚等，要使用发尘量小的建筑材料，且经得起消毒、清洁和冲洗。厂房内各操作室及室内的设备、设施，应按工艺流程合理布局，要尽量使人物分流，各畅其行；质量检验室应有足够的面积，完善的检验设施和洁净的工作环境确保产品质量检验的准确无误。在厂房验证中，应当十分注意那些影响生产环境洁净度的特殊因素，如传递窗、传递带等部位的气流方向，风速及房间压差对今后生产带来的影响，有时需在设备非运行状态进行一些必要的测试为今后的工艺验证奠定基础。应将确认中各主要洁净控制间测试的结果汇总,做出综合评估,提出结论性意见；厂房首次确认完成后，可批准投入试生产使用并实施日常监控计划；应定期对各项监控指标进行统计分析并作年度总结。
洁净空调至少为三级过滤，初效、中效应定期清洗或更换，高效过滤器的泄漏率应定期测试，或评估是否堵塞，必要时更换；空调机组的其它机械部分，应定期检查，如：风机润滑，风机皮带磨损更换，表冷器、蒸汽盘管内外部的定期清洗等；空调系统风量、压差等参数在监测过程中发现偏移，需要纠偏调整，空调系统相关的仪表，应定期校准。无菌操作核心区对微生物要求较高，对该区域的操作人员的服装穿着有特殊要求，通常进入该区域的操作人员会穿着两层洁净服，因此该区域的温湿度要求相对严格一些可按如下数值设计。A级和B级洁净区：温度20-24℃，相对湿度45%-60%。C级和D级洁净区：温度18-26℃，相对湿度45%-65%。称量间宜使用单向流如装有捕尘罩除尘管道的设计应考虑有足够的传送速度，以确保将粉尘带走而不至于让其沉淀在管道内；应根据粉尘的密度确定所需的传送速度，不同物料的密度可能不同，传送速度就有所不同，要考虑传送速度的调节。