金关工程（二期）加工贸易管理系统是海关为了更好地管理和监控加工贸易业务而推出的一项重要举措。随着系统的切换，不少企业在操作过程中遇到了一些问题。以下是对这些常见问题的详细解读。
一、手册设立环节中的料件申报问题
对于手册设立环节，企业应明确料件的来源。对于全部为国内采购的料件，企业可自主选择是否向海关申报；而对于部分保税进口、部分国内采购的料件，企业应如实申报手册表体的“保税比例”栏目。
二、手册执行过程中的料件变更问题
在手册实际执行过程中，如原本计划保税进口的料件临时改为在国内采购，企业需通过“深圳海关网上办事大厅”的有关模块进行申报。这一变更需要企业及时、准确地通知海关，以确保加工贸易业务的顺利进行。
三、保税核注清单的商品项数量限制
金关二期系统对保税核注清单的商品项数量没有设定上限，但受报关单商品项数限制，保税核注清单归并后的报关单商品项数不得超过50项。这要求企业在录入商品项时，既要考虑到详尽性，又要符合报关单的限制。
四、手册有效期的规定
金关二期系统切换后，手册有效期的政策规定未发生变化。企业应按照合同有效期申报手册有效期，原则上不得超过一年。这体现了海关对加工贸易业务的规范管理和时间限制。
五、多本手册的申请
加工贸易企业可根据自身的生产计划和执行情况，向海关申请多本加工贸易手册。但申请手册需要符合相关规定，并且提供的单证资料必须规范、齐全、有效。
六、手册设立时的单证资料要求
金关二期系统切换后，企业申请手册设立时向海关提供的单证资料并未发生变化。这包括加工企业生产能力证明、委托加工合同以及对外签订的合同等。这些资料是海关审核手册设立的重要依据。
七、委托报关中介代理申报业务的办理
企业要委托报关中介代理申报业务时，应通过电子口岸预录入系统（QP系统）的“委托授权系统”进行办理。这为企业与报关中介之间的合作提供了便捷的渠道。
八、手册设立时提供担保的情形
在特定情形下，海关会要求企业在办理手册设立手续时提供担保。这些情形包括涉嫌走私、管理混乱、租赁厂房或设备、首次开展加工贸易业务、手册延期多次、办理异地加工贸易手续以及涉嫌违规等。担保的形式可以是保证金或银行、非银行金融机构保函。
九、有形损耗与无形损耗的申报
在加工贸易手（账）册的设立（变更）环节，企业应按规定分别申报有形损耗和无形损耗。金关二期系统提供了“有形损耗率”和“无形损耗率”两个栏目供企业填报，这有助于海关更准确地了解加工过程中的损耗情况。
通过对这些常见问题的解答，企业可以更加清晰地了解金关工程（二期）加工贸易管理系统的操作要求和规定，从而更好地开展加工贸易业务。这也体现了海关在推进信息化建设、提升服务水平方面的不断努力。
