如果员工违反保密协议，公司是否可以拒付工龄经济补偿金需要根据具体情况而定。
在劳动合同有明确约定的情况下5：
如果公司与员工签订的劳动合同及保密协议中明确约定，一旦员工违反保密义务，公司可以解除劳动合同且无需支付经济补偿金，那么公司依据合同约定有权拒付工龄经济补偿金。例如，某员工在职期间违反保密协议，将公司的商业机密信息发送至个人邮箱，公司发现后按照合同约定解除劳动合同且不支付经济补偿金，这种做法是合理的5。
劳动合同未明确约定，但员工行为造成严重后果的情况：
劳动合同中没有明确约定违反保密协议与经济补偿金的关系，但如果员工的违反保密协议行为给公司造成了重大损失，公司可以向劳动仲裁机构或法院主张自己的权利，请求不支付经济补偿金。公司需要提供充分的证据证明员工的行为给公司带来了严重的损害后果，以及这种损害与员工的行为之间存在直接的因果关系。
劳动合同未约定且员工行为未造成严重后果的情况：
如果劳动合同中没有相关约定，且员工的违反保密协议行为没有给公司造成严重损失，那么公司不能随意拒付工龄经济补偿金。因为工龄经济补偿金是基于员工在公司的工作年限而应得的补偿，与保密协议的违反是两个不同的法律关系。此时，公司仍然需要按照法律规定支付员工相应的工龄经济补偿金。
