公司一般在以下几种情况下可以扣发员工的工龄经济补偿金：
员工违反服务期约定：
公司为员工提供了专项培训费用，对员工进行专业技术培训，并与员工约定了服务期。如果员工在服务期内主动辞职或因自身过错被公司解除劳动合同，公司可以要求员工支付违约金。在这种情况下，公司可以从应支付给员工的工龄经济补偿金中扣除相应的违约金部分，但扣除的金额不能超过公司提供的培训费用。例如，公司花费5 万元送员工参加专业培训，约定服务期 3 年，员工工作 1年后辞职，那么公司可以根据服务期约定，在计算工龄经济补偿金时扣除一定比例的培训费用。
员工给公司造成损失且未赔偿：
如果员工因故意或重大过失给公司造成了经济损失，例如泄露公司商业机密、严重失职导致公司业务受损等，公司有权要求员工赔偿损失。在员工未对损失进行赔偿之前，公司可以从其工龄经济补偿金中扣除相应的赔偿金额。公司需要有充分的证据证明员工的行为给公司造成了损失，以及损失的具体数额1。
员工存在欺诈、胁迫等行为订立劳动合同：
如果员工在订立劳动合采用欺诈、胁迫等手段使公司在违背真实意思的情况下与其签订劳动合同，那么公司可以不支付工龄经济补偿金。例如，员工伪造学历证书或工作经历等信息获得公司的录用，公司发现后解除劳动合同，这种情况下公司无需支付经济补偿金。
公司已支付过相应补偿或福利：
如果公司在员工在职期间已经以其他形式支付了与工龄经济补偿相关的费用或福利，且双方有明确约定这些费用或福利可以抵充工龄经济补偿金，那么公司可以按照约定扣发相应部分。比如，公司与员工约定，每年发放的年终奖中包含了一定比例的工龄补偿成分，在解除劳动合公司可以将已发放的这部分年终奖从工龄经济补偿金中扣除。
法律规定的其他特殊情形：
除了上述情况外，如果有其他法律法规明确规定的特殊情形，公司也可以根据法律规定扣发员工的工龄经济补偿金。但这种情况较为少见，需要具体依据相关法律条文来判断。
