当企业被员工申请仲裁时，可参考以下方式进行处理：
前期准备
接收与研究仲裁文书
安排专人负责接收仲裁委员会送达的仲裁文书，确保不遗漏任何重要信息。收到仲裁申请书副本后，仔细研读其中的员工仲裁请求、事实依据和理由，梳理出争议焦点问题。
查看仲裁委员会随附的相关材料和证据清单，初步评估案件的复杂程度和企业可能面临的风险。
收集与整理证据材料
全面收集对企业有利的证据，包括但不限于劳动合同、工资支付记录、考勤记录、绩效考核文件、培训记录、员工手册及其他规章制度、沟通记录、工作成果及相关业务文件等。
对收集到的证据进行分类整理，标注出每份证据与案件争议焦点的关联性和证明目的，以便在后续程序中能够快速、准确地提供有效证据支持企业的观点。
确定应对策略
根据对仲裁申请书和证据的分析，结合企业自身实际情况，制定相应的应对策略。如果企业认为员工的仲裁请求完全没有事实和法律依据，可以考虑采取坚决抗辩的策略；如果存在部分合理诉求，可以考虑协商解决或在合理范围内做出一定让步。
预测仲裁过程中可能出现的各种情况和问题，提前制定应对预案，确保企业在仲裁过程中能够灵活应对，掌握主动权。
仲裁程序中的应对
提交答辩状
在规定的期限内，根据仲裁申请书的内容，结合企业收集的证据，撰写并向仲裁委员会提交书面答辩状。答辩状应针对员工的仲裁请求逐一进行回应，阐明企业的观点和理由，清晰、有条理地陈述事实真相，反驳员工不合理的诉求和主张。
在撰写答辩状时，要注意语言规范、逻辑严谨，避免使用模糊或容易引起歧义的表述。要确保所陈述的内容有充分的证据支持，避免无根据的猜测或臆断。
参加仲裁庭审
按照仲裁委员会通知的开庭时间和地点，企业应准时派出法定代表人或委托代理人参加庭审。委托代理人应具备相关的法律知识和丰富的仲裁经验，能够在庭审中有效地维护企业的合法权益。
在庭审过程中，要遵守仲裁庭的纪律和程序，尊重仲裁员和对方当事人。认真听取员工的陈述和观点，做好记录，轮到企业发言时，要自信、沉稳地陈述企业的立场和观点，清晰地表达企业的意见和诉求。
合理运用证据进行质证和辩论，对员工提交的证据进行仔细审查，从证据的真实性、关联性和合法性三个方面进行质证，指出证据存在的问题和瑕疵。在辩论环节，要围绕争议焦点问题展开，依据法律法规和事实证据，有力地反驳员工的观点，维护企业的合法权益。
寻求和解或调解
主动和解
在仲裁过程中，企业可以根据案件进展情况，适时主动与员工进行沟通协商，寻求和解的可能性。通过友好的沟通，了解员工的真实想法和诉求，尝试寻找双方都能接受的解决方案。
主动和解不仅可以节省时间和精力，避免仲裁程序的冗长和不确定性，还有助于维护企业与员工之间的关系，减少对企业形象和声誉的负面影响。
配合调解
积极配合仲裁委员会的调解工作，以开放和灵活的态度参与调解过程。仲裁员作为中立的第三方，通常会根据案件的实际情况提出一些合理的调解建议，企业应认真考虑这些建议，权衡利弊，尽量与员工达成调解协议。
调解协议一经达成，即具有法律效力，双方应按照协议内容履行各自的义务。通过调解解决纠纷，可以在一定程度上缓解双方的矛盾冲突，实现相对和谐的纠纷解决结果。
仲裁裁决后的处理
履行裁决义务
如果仲裁裁决结果对企业不利，企业应尊重裁决的法律效力，按照裁决书的规定及时履行相应的义务，如支付经济补偿金、赔偿金、工资差额等。及时履行裁决义务不仅是企业应尽的法律责任，也有助于避免因拒不履行而可能引发的强制执行等更为严重的法律后果。
在履行义务的过程中，要注意保留相关的支付凭证和证据，以备后续可能的查验。
考虑司法救济途径
如果企业认为仲裁裁决存在事实认定错误、法律适用不当等问题，严重损害了企业的合法权益，可以在规定的期限内依法向人民法院提起诉讼，寻求司法救济。
提起诉讼需要谨慎考虑，因为诉讼过程可能会耗费更多的时间、精力和财力，且结果也存在不确定性。企业在决定是否提起诉讼之前，应对案件的胜诉可能性进行全面、客观的评估，并充分听取专业律师的意见。
